Colegio de San Juan de Letrán byrjaði á því að kalla sig „Colegio para mestizos“ og var stofnaður árið 1548, að frumkvæði skagamanna á Skaganum sem sáu aukningu í fjölda mestizos fæddra á Nýju Spáni sem þurftu menntun.
Colegio de San Juan de Letrán byrjaði á því að kalla sig „Colegio para mestizos“ og var stofnaður árið 1548, að frumkvæði skagamanna frá Spáni sem sáu aukningu á fjölda mestizos fæddra á Nýju Spáni sem þurftu menntun.
Til að stofna þessa stofnun báðu þeir ekki um leyfi yfirmanns Antonio de Mendoza, heldur sendu fulltrúa til Spánar til að fá heimild frá konungi og Don Gregorio de la Pesquera var skipaður í nefnd verkefni. Þessi ábyrgðaraðili hlaut konunglegt leyfisbréf sem gefið var út 18. ágúst 1548. Í upphafi fékk háskólinn 600 þúsund pesó leik úr námuvinnslu, einkaframlagi og ölmusu.
Hann var leiddur af þremur prestum: rektor og tveir ráðamenn, rektor gæti varað í eitt ár í starfi sínu og þá gætu hinir tveir hertekið prestsetrið. Lestur, kristnar kenningar voru kenndar og síðar voru lengra komnir nemendur hvattir til að fara í háskóla.
Skólinn hafnaði í lok 18. aldar, hann lifði allt til sjálfstæðis og árið 1821 fékk hann mikinn uppörvun en hann hvarf að lokum árið 1857. Hann var staðsettur á gömlu Calle de San Juan de Letrán milli núverandi Calle de Venustiano Carranza og Madero á gangstéttinni sem það sneri austur fyrir framan San Francisco klaustrið sem hernámu alla götuna.
