Kristnitöku Yaquis var það sem gerði trúarbrögðum kleift að breiðast út árið 1609 og komst inn á yfirráðasvæði Sonora.
Í nýlendunni samsvaraði Sonora aðeins hlíðum Sierra Madre Occidental innan marka þess aðila. Svæðið sem rann norður frá Yaqui ánni, þar á meðal Real de la Cieneguilla, var kallað Pimería Baja og nyrsta svæðið frá því Real til Colorado River - þegar í núverandi Norður-Ameríkuríki Arizona - var kallað Pimería Alta.
Núverandi yfirráðasvæði Sonoran inniheldur einnig lítið svæði í suðvesturhluta þess sem þá var kallað Pimería, staðsett í Chihuahua-ríki og Ostimuri, stað sem er staðsettur við strendur Kaliforníuflóans, á milli Mayo og Yaqui árinnar.
Árið 1614 kristnuðust trúboðarnir Pérez de Rivas og Pedro Méndez Maya á Ostimuri svæðinu og skiptu erindinu í þrjú héruð: Santa Cruz (við mynni Mayo), Navojoa og Tesia.
Tepahues voru felldir saman við Cornicaris árið 1620. Faðir Miguel Godínez stofnaði verkefni San Andrés de Cornicari og Asunción de Tepahui . Sama ár var stofnað rektorat San Ignacio, sem innihélt, auk fimm áður nefndra verkefna, verkefnin í Bacúm, Torín og Rahún, staðsett við mynni Yaqui.
Árið 1617 breyttist Yaquis af foreldrunum Pérez de Rivas og Tomás Basilio. Þrátt fyrir þjáðar uppreisnir, óeirðir, kvalir og manndráp voru umbreyting Sonora hraðari og styrktari. Á 17. öld stækkuðu Jesúítar og stofnuðu verkefni Maycoba og Yecora í suðvesturhluta þess sem þeir þekktu sem Chínipas.
Verkefnunum frá Yaqui-ánni til norðurs var skipt í fjóra prestssetra: San Borja skipaði verkefnum: Cucumaripa og Tecoripa , stofnað árið 1619; Movas og Onovas, árið 1622; Sahuaripa árið 1627; Matape árið 1629; Onapa árið 1677 og Arivechi , árið 1727. Rektorate of the Three Holy Martyrs of Japan sem innihélt Batuco stofnað árið 1627, Oposura árið 1640 og Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca og San Miguel Bavispe , stofnað árið 1645. Og rektoratet San Javier sem samþætti verkefni Ures árið 1636; Aconchi, Opodepe og Banámichi árið 1639; Cucurpe og Arizpe árið 1648 og Cuaquiárachi árið 1655.
Árið 1687 fór trúboði Eusebio Francisco Kino inn í Pimería Alta og hóf verkefni rektors Nuestra Señora de los Dolores, stofnun: Caborca, sem Francisco Javier Saeta var úthlutað til sem heldur utan um bréfaskipti með andlegum stuðningi sínum, faðirinn. Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera og Imuris.
Eftir brottrekstur jesúítanna voru verkefnin skilin eftir franskiskönum, sem byggðu ekki meira og einskorðuðu sig aðeins við að reyna að varðveita þá sem fyrir voru. Þegar Jesútar höfðu þegar stofnað byggðir í Sinaloa og Sonora, beindu þeir sjónum sínum að yfirráðasvæði Kaliforníu.
