Hann fæddist í Ozumba, Mexíkóríki, árið 1737, aðhylltist trúarferil og var vígður til prests tvítugur að aldri.
Þrátt fyrir heimspekinám hefur hann frá unga aldri látið sig þekkingu og beitingu náttúruvísinda, eðlisfræði, stærðfræði og stjörnufræði varða. Hann birtir dýrmæt verk um vísindaleg efni í dagblöðum og tímaritum samtímans. Hann öðlast alþjóðlegt nafn og er útnefndur samsvarandi samstarfsaðili vísindaakademíunnar í París. Hann eyðir miklum tíma sínum í að gera vísindatilraunir og safnar saman miklu bókasafni. Hann er safnari fornleifa og sjaldgæfra eintaka af plöntum og dýrum. Kannaðu Xochicalco. Til að heiðra hann var árið 1884 stofnað vísindafélagið Antonio Alzate sem árið 1935 varð National Academy of Sciences. Þekktasta ritstjórnarverk hans eru skýringar Jesúvítans Francisco Javier Clavijero við Fornsögu Mexíkó. Sagt er að hann sé fjarlægur ættingi Sor Juana Inés de la Cruz. Hann andaðist í Mexíkóborg árið 1799.
