Byggð í hlíðum hæðanna varð borgarbygging þessarar borgar að laga sig að staðfræðilegum þáttum landslagsins, þó reynt væri að virða sjónuform eins og skákborð.
Þessi þáttur til langs tíma leyfði honum að vaxa á mæltan og samhæfðan hátt, sem í aldanna rás hefur varðveitt upphaflegan karakter. Grundvöllur þess spratt af nauðsyn þess að vernda og vernda ferðalanga sem fóru á milli Zacatecas og höfuðborgar þáverandi ríkis Nýja Spánar, fluttu aðallega steinefni og voru umkringdir frumbyggja hirðingja Chichimeca-þjóðarinnar. Um 1542, Fray Juan de San Miguel stofnaði í nágrenni núverandi borgar bæ með nafninu Itzcuinapan og vígði erkiengilinn San Miguel sem verndardýrling. Sú frumstæða íbúi átti í miklum vandræðum með vatnsveituna, auk stöðugra og ofbeldisfullra árása frumbyggja Chichimecas á nærliggjandi svæðum. Af þessum sökum fluttu íbúar Villa de San Miguel byggðina nokkra kílómetra norðaustur; það var staðurinn þar sem Villa de San Miguel el Grande var stofnað af Don Ángel de Villafañe árið 1555, að beiðni forsetaembættisins Don Luis de Velasco. Yfirkóngurinn krafðist einnig að spænskir nágrannar settust þar að sem fengju land og búfé, en frumbyggjunum sem bjuggu í því yrði fyrirgefið skattinum og yrði stjórnað af eigin höfðingjum til að forðast uppreisn í framtíðinni.
8. mars 1826 gerði ríkisþingið hana að borg og breytti nafni hennar, sem héðan í frá yrði San Miguel de Allende, til heiðurs hinum fræga uppreisnarmanni sem fæddist þar árið 1779.
Inni í þessari aðlaðandi nýlenduímynd eru nokkrar sannarlega merkilegar hallir þess tíma. Meðal þess sem framúrskarandi er eru Bæjarhöllin, áður ráðhúsið sem reist var árið 1736. Húsið þar sem Ignacio Allende fæddist, dæmi um barokkarkitektúr borgarinnar, sérstaklega á framhlið þess, og er nú Byggðasafnið. Casa del Mayorazgo de la Canal, með fallegri nýklassískri framhlið, var lokið undir lok 18. aldar af José Mariano de la Canal y Hervas, öldungadeildarþingmanni, deildarforseta og konungsveldi. Gamla höfðingjasetur Don Manuel T. de la Canal, bygging frá 1735 sem var endurnýjuð samkvæmt verkefni af hinum glæsilega spænska arkitekt Don Manuel Tolsá árið 1809; Byggingin hýsir nú Allende stofnunina og hún dregur fram breidd innanhúsgarðanna, fallega kapellu og óvenjulegan spilakassa. Hús rannsóknaraðilans, sem þjónaði sem búseta umboðsmanns hinnar heilögu skrifstofu og er frá 1780. Hús Marqués de Jaral de Berrio, byggt í lok 18. aldar, og greifanna í Loja með glæsilegri framhlið sinni.
Að því er varðar trúarlegan arkitektúr, státar borgin einnig af gripum af óvenjulegu gildi, svo sem kirkju og klaustri Santo Domingo, edrú byggingu frá 1737. Leal de la Concepción klaustrið, sem nú er menningarmiðstöðin, Það er merkileg bygging fyrir risastóra veröndina; Það var byggt á 18. öld af arkitektinum Francisco Martínez Gudlño.
Kapellan í Santa Cruz del Chorro, ein sú elsta; musteri þriðju reglu, frá því snemma á sautjándu öld. Hin fallega hljómsveit musterisins og ræðumanns San Felipe Neri, frá því snemma á 18. öld; kirkjan er með yfirgnæfandi barokkhlið framleidda í bleiku steinbroti og með skreytingu sterkra frumbyggjaáhrifa. Innréttingar þess eru með fjölbreytt og ríkur skreyting á milli húsgagna, höggmynda og málverka sem vert er aðdáunar, auk hinnar glæsilegu kapellu í Santa Casa de Loreto og Camarín de la Virgen, bæði frábærlega skreyttar og eru vegna hollustu Marquis Manuel Tomás de la Canal. Nálægt ræðustöðinni er musteri frú okkar heilsu, byggt á 18. öld með innfelldri framhlið krýndri stórri skel.
Einnig er það aðlaðandi í borginni San Francisco hofið, frá 18. öld, með sinni fallegu Churrigueresque framhlið, og fræga sóknin er næstum tákn San Miguel de Allende; Þrátt fyrir að nýgotískur stíll hafi verið nýlegri var það byggt á uppbyggingu gamla 17. aldar musterisins með fullri virðingu fyrir innréttingum þess og upphaflegri áætlun.
Mjög nálægt borginni er helgidómur Atotonilco, bygging 13. aldar í edrú hlutföllum sem lítur út eins og virki og þar sem varðveitt eru dýrmæt málverk frá sömu öld.
