Stöðug innrás spænska landvinningamannsins Don Nuño Beltrán de Guzmán í átt að vesturlöndum landsins, til þess að auka yfirráð hans og völd yfir þessum svæðum, leiddi til stofnunar nýs héraðs sem kallað var konungsríkið Nýja Galisía.
Svæðið var byggt af ýmsum frumbyggjahópum sem hrundu stöðugt byggðina sem Spánverjar höfðu stofnað í því. Juan B. de Oñate fyrirliði Nuño de Guzmán, fyrirliði, fékk skipanir um að friða þessi héruð og stofna Villa de Guadalajara á þeim stað sem kallast Nochistlán, staðreynd að hann fullnægði 5. janúar 1532. Í ljósi tíðra árása frumbyggja á borgina. hann þurfti að flytja ári síðar til Tonalá og síðar til Tlacotlán. Þriðja flutningurinn var gerður til að setjast að í bænum í Atemajac-dalnum, þar sem borgin var endanlega stofnuð 14. febrúar 1542 með nærveru Cristóbal de Oñate sem landstjóra í Nueva Galicia og Don Antonio de Mendoza, þáverandi yfirkona Nýja Spánar, sem skipaði Miguel de Ibarra borgarstjóra og landstjóra.
Borgin þróaðist hratt og byrjaði að keppa við Compostela (í dag Tepic), sem þá var aðsetur trúar- og borgaravalda, þannig að íbúar Guadalajara beittu slíkum þrýstingi á yfirvöld Audiencia, að konungur Felipe II ákvað að gefa út skírteini dagsett 10. maí 1560 svo að hann myndi flytja frá Compostela til Guadalajara, dómkirkjunnar, konungshofsins og embættismanna ríkissjóðs.
Borgarbyggingin var skipulögð í samræmi við aðrar nýlenduborgir og því var skipulag hennar þróað í formi skákborðs frá því sem var San Fernando torgið. Síðar voru hverfin Mexicaltzingo og Analco stofnuð af Fray Antonio de Segovia og hverfið Mezquitán, eitt það elsta. Ráðhússhúsin voru einnig reist, gegnt núverandi musteri San Agustín og fyrsta sóknarkirkjunni þar sem réttarhöllin er.
Í dag sýnir hin stórbrotna borg, afkastamikil í nýlendubyggingum, fjöldann allan af viðeigandi byggingarfræðilegum dæmum, svo sem dómkirkju hennar, sem verður að sjá, byggð á árunum 1561 til 1618 af arkitektinum Martin Casillas. Stíll hans hefur verið flokkaður sem byrjandi barokk. Traust uppbygging þess rís fyrir framan Plaza de Guadalajara í dag, með forvitnilegum turnum sínum, þó að þeir tilheyri ekki upphaflegum stíl byggingarinnar, séu nú viðurkenndir sem tákn höfuðborgar Guadalajara. Frumstæðir turnarnir eyðilögðust á nítjándu öld með jarðskjálfta og því bættust þeir við sem eru í dag. Inni í musterinu er hálfgotískt að stíl, þar á meðal hvelfingar þess sem eru úr blúndum.
Önnur trúarleg svæði frá 16. öld eru klaustrið í San Francisco, stofnað árið 1542 nálægt ánni, í Analco hverfinu, og næstum algerlega eyðilagt í siðaskiptum. Musteri þess, endurnýjað í lok 17. aldar, með barokkhlið sinni með hógværum Solomonic línum, er varðveitt. Klaustrið San Agustín, var stofnað árið 1573 af konunglegu skipuninni um Felipe II og varðveitir nú musteri sitt með framhlið alvarlegra herrerískra lína og innréttingar með rifnum hvelfingum.
Santa María de Gracia, önnur grundvallarstefnunnar, var hernumin af dóminíkönskum nunnum frá Puebla, byggð árið 1590 fyrir framan Plaza de San Agustín og greidd af Hernán Gómez de la Peña. Framkvæmdirnar náðu að taka upp sex blokkir, þó í dag sé aðeins musteri hennar eftir, með nýklassískri framhlið frá seinni hluta 18. aldar.
