Hidalgo hélt til Aguascalientes og hélt til Zacatecas. Hér var ákveðið að helstu leiðtogar, með bestu hermennina og peningana, fóru til Bandaríkjanna.
Þegar þeir voru á leiðinni voru þeir teknir til fanga af konungssinnunum 21. mars í Norias del Baján eða Acatita del Baján. Hidalgo var fluttur til Monclova, þaðan fór hann 26. mars í gegnum Alamo og Mapimí og þann 23. kom hann til Chihuahua. Síðan var ferlið myndað og 7. maí var fyrsta yfirlýsingin tekin. Kirkjulegur karakter Hidalgo olli því að ferli hans seinkaði meira en félaga hans.
Niðurfellingardómurinn var kveðinn upp 27. júlí og 29. júlí var hann tekinn af lífi á Konunglega sjúkrahúsinu þar sem Hidalgo var fangelsaður. Stríðsráðið fordæmdi fangann til að vera vopnaður, ekki á opinberum stað eins og félagar hans, og skjóta hann að bringu og ekki að aftan og varðveita þannig höfuð hans. Hidalgo heyrði dóminn í rólegheitum og bjó sig undir að deyja.
Síðasta degi hans hefur verið lýst sem hér segir: „Aftur í fangelsinu var honum boðið upp á súkkulaðimorgunverð og þegar hann hafði tekið hann bað hann að í stað vatns fengi hann mjólkurglas sem hann lauk með óvenjulegri matarlyst og ánægju. Stuttu seinna var honum sagt að tíminn væri kominn til að fara í pyntingarnar; Hann heyrði það án breytinga, reis á fætur og lýsti því yfir að hann væri tilbúinn að fara. Í raun kom hann út úr ógeðfellda teningnum sem hann var í og var kominn með fimmtán eða tuttugu skref frá honum, hann stoppaði um stund, vegna þess að yfirmaður vörðunnar hafði spurt hann hvort honum væri eitthvað boðið að ráðstafa því síðasta; Þessu svaraði hann já, að hann vildi að þeir færu sér sælgæti sem hann skildi eftir á koddunum sínum: þeir komu sannarlega með þau og höfðu dreift þeim á milli sömu hermannanna sem áttu að skjóta eldi á hann og gengu á eftir sér, hvatti hann og huggaði þá með fyrirgefningu sinni og sætustu orð hans til að vinna sína vinnu; Og þar sem hann vissi vel að honum var skipað að skjóta ekki höfuðið og óttaðist að hann myndi þjást mikið, því það var enn rökkur og hlutirnir sáust ekki greinilega, lauk hann með því að segja: „Hægri höndin sem ég mun setja á bringuna á mér verður , börnin mín, það örugga skotmark sem þú verður að fara í “.
„Bekknum í pyntingunum hafði verið komið fyrir þar í innanhúsgöngum tilvísaðs skóla, ólíkt því sem gert var við aðrar hetjur, sem teknar voru af lífi á torginu fyrir aftan bygginguna og þar sem minnisvarðinn er í dag. það minnir okkur á hann og nýju verslunarmiðstöðina sem bar nafn hans; og þegar Hidalgo vissi af þeim stað sem hann var beint til, gekk hann fram með þéttu og kyrrlátu skrefi, og án þess að leyfa augun að vera bundið fyrir augun, bað með sterkri og heittrúmanri sálmi Miserere mér; Hann kom að vinnupallinum, kyssti hann með afsögn og virðingu og þrátt fyrir einhverjar deilur sem létu hann ekki sitja með bakið snúið, tók hann sætið að framan, lagði höndina á hjarta sitt, hann minnti á hermennina að þetta væri stig þar sem þeir ættu að skjóta hann og augnabliki síðar sprakk losun fimm riffla, þar af einn sem gat í raun á hægri hönd án þess að meiða hjartað. Hetjan, næstum óþrjótandi, þvingaði bæn sína og raddir þeirra voru þaggaðar þegar fimm rifflar músl voru sprengdir aftur, þar sem byssukúlur, sem fóru framhjá líkamanum, brutu böndin sem bundu hann við bekkinn og maðurinn féll í blóðvatn, hann var ekki enn dáinn; þrjár byssukúlur til viðbótar voru nauðsynlegar til að komast að þeirri dýrmætu tilveru, sem hafði virt dauðann í meira en 50 ár. “
Höfuð hans, með þeim Allende, Aldama og Jiménez, var komið fyrir í járnbúrum á hornum Alhóndiga de Granaditas í Guanajuato. Líkið var grafið í þriðju röð San Francisco de Chihuahua og árið 1824 var skottinu og hausnum komið til Mexíkó til að vera grafinn með mikilli hátíðleika.
